El hipotálamo y la glándula pituitaria o hipófisis en los hombres también producen todo tipo de hormonas. Ambas glándulas se encuentran en el cerebro. Un trastorno del equilibrio hormonal también puede ser la causa de fertilidad reducida en el hombre. La glándula pituitaria es una pequeña glándula ubicada en la base del cerebro, que, al igual que en la mujer, produce las hormonas FSH y LH. La FSH estimula los testículos en el hombre. Un desequilibrio de esta hormona también puede causar calidad espermática reducida. Además, una producción excesiva de la hormona prolactina, o una glándula tiroides deficiente pueden trastornar el equilibrio hormonal y de ese modo afectar la fertilidad. No obstante, los problemas de fertilidad masculinos raramente ocurren por causas hormonales.