Las ventajas de muchos procedimientos médicos, también conllevan posibles efectos secundarios y ciertos riesgos. Lo mismo es válido para la fertilización in vitro (FIV).

Debido a que el proceso de FIV implica varias etapas, las pacientes pueden experimentar diferentes efectos secundarios en diferentes momentos.

1. Los medicamentos que se utilizan en un tratamiento de FIV pueden causar efectos secundarios como cambios de humor y dolores de cabeza. Aparte de los efectos secundarios, también hay riesgos asociados al uso de estos medicamentos. Debido a que Usted va a utilizar medicamentos para estimular los ovarios, para que produzcan varios óvulos, también podría ocurrir que los ovarios reaccionen más de lo necesario. Esto puede evaluarse mediante controles ecográficos, por los que se puede ver que hay demasiados folículos o bien que los ovarios han aumentado mucho su tamaño. Es posible que, en el período subsiguiente a la punción, los ovarios se vean aún más afectados y liberen líquido en la cavidad abdominal. Esto se denomina sobre-estimulación. Este líquido se dispersa en el abdomen, lo que puede causar molestias estomacales, dolor de estómago, náuseas, vómitos, importante aumento de peso (> 1 kg/día), dificultad al respirar y baja producción de orina (síndrome de hiperestimulación ovárica, o SHO). En casos severos, la sangre puede espesarse, y puede dar lugar a problemas de perfusión. Si una ecografía muestra que los ovarios están reaccionando más de lo debido, no se toman riesgos y se suspende el tratamiento. Si la reacción aún es aceptable, pero existe el riesgo de sobre-estimulación, le darán instrucciones por separado. Si ocurriera cualquiera de los síntomas anteriormente descriptos, es aconsejable que se ponga en contacto con la enfermera especializada en FIV o el servicio de consultorios externos de FIV/ginecología en forma directa. El médico realizará una ecografía para determinar el tamaño de los ovarios y para ver si tienen quistes (ampollas llenas de líquido). El médico también observará si hay líquido disperso en la cavidad abdominal. También se realizará un análisis de sangre. Generalmente Usted tiene que esperar, descansar y beber suficiente agua, aunque de vez en cuando podría ser necesario su ingreso en el hospital.
   
2. Aunque los riesgos de la punción son escasos, en ocasiones se detectan hemorragias o muy rara vez, infecciones. Si estas complicaciones tienen lugar, se iniciará el tratamiento que éstos requieran. Los órganos cercanos a los ovarios, tales como la vejiga o los intestinos, raramente son dañados durante la punción.
   
3. Aunque el trabajo en los óvulos, el esperma y los embriones es realizado con el mayor de los cuidados en el laboratorio, la FIV continúa siendo tarea de los humanos. No obstante, muy pocas veces ocurren errores de ésta índole.
   
4. Es posible que ocurra un embarazo múltiple. Se adopta una política estricta de transferencia para tratar de maximizar las posibilidades de embarazo, pero de reducir las del embarazo múltiple.. Aún cuando se transfiere un solo embrión, puede resultar en gemelos, exactamente como en el curso natural de los embarazos. Las probabilidades de quedar embarazada de mellizos es del 19%, y del 1% de trillizos o más, por lo que el riesgo de complicaciones inherentes a los embarazos múltiples (tales como aborto espontáneo, parto prematuro o diabetes) se mantiene lo más bajo posible.
   
5. A pesar del hecho de que una prueba de embarazo positiva es un signo de tratamiento exitoso, aún así no se obtiene éxito en aproximadamente el 10-15% de los casos. Existe una posibilidad del ± 15% de aborto espontáneo, y del 1% de embarazo extra-uterino. Para esto es necesario realizar un tratamiento adicional, el que puede hacer que su desilusión sea aún más grande.
   
6. Al mismo tiempo, no se han demostrado riesgos elevados respecto de la incidencia de defectos hereditarios. No obstante, el médico especialista en FIV o el ginecólogo no aceptarán responsabilidad por el resultado del tratamiento de FIV o ICSI. Usted tendrá que firmar un formulario de consentimiento con anticipación a un tratamiento. Si existe alguna indicación de esto, por ejemplo, la edad de la mujer (36 años o más), o defectos hereditarios en la familia, pueden llevase a cabo diagnósticos prenatales.
   
7. Finalmente, el proceso de FIV puede ser psicológicamente estresante. Las pacientes son aconsejadas para que tomen medidas de reducir el estrés, como mantener un buen estado de salud, utilizar técnicas de relajación y buscar ayuda y apoyo en la familia o los profesionales.